La Baia di Porto Conte è una profonda insenatura a ovest della rada Alghero, dalla quale è divisa dal Promontorio di Punta Giglio che la chiude ad est mentre ad ovest è bordeggiata dalle spettacolari falesie di Capo Caccia. La bocca dell’insenatura fra Capo Caccia e Punta Giglio è ampia 3,5 km mentre fra questa ed il fondo di Porto Conte, orlato dalla bellissima spiaggia di Mugoni, si contano circa 6 km.
L’origine geologica di Porto Conte si colloca nell’Oligocene e corrisponde ad un graben o fossa tettonica colmata successivamente dai sedimenti lacustri e alluvionali del Pleistocene; il magnifico contesto circostante è invece caratterizzato dai potenti depositi calcareo-dolomitici di piattaforma carbonatica depostisi nel caldo mare epi-continentale che sommergeva gran parte della Sardegna fra il Giurassico medio e il Cretacico superiore; queste potenti formazioni calcareo-dolomitiche sono state tiltate e dislocate alle altezze attuali in seguito alla tettonica terziaria, esibendo così le spettacolari falesie e le caratteristiche alture a rampa.
Tanto è il rilievo paesaggistico-naturalistico che tutto il territorio è stata tutelato con l’istituzione del Parco Regionale di Porto Conte, che oltre allo specchio di mare interno alla baia include costa e entroterra compresi fra Punta Giglio, Capo Caccia e la costa del Porticciolo, e dell’Area Marina Protetta di Capo Caccia e Isola Piana, che tutela lo specchio di mare attorno a Capo Caccia e lungo le falesie esterne fino a Punta Cristallo, incluse le grandi isole Foradada e Piana.
L’interesse dell’uomo per la profonda insenatura di Porto Conte si spinge indietro nel tempo fino almeno alla Civiltà nuragica, come testimonia il notevole Complesso nuragico Palmavera fondato appena nell’entroterra fra la rada di Alghero e Porto Conte; in seguito i Romani continuarono la frequentazione appellando il sito Nimpharum Portus e dell’epoca rimangono i resti della villa romana di Sant’Imbenia, sita a ridosso del litorale settentrionale di Mugoni; inoltre ben 4 torri aragonesi per il contrasto alla pirateria sono state erette nel XV sec. lungo la costa della baia: Torre di Porto Conte, sulla sponda orientale, torri di Tramariglio e del Bulo, su due promontori della costa occidentale, e Torre della Pegna, a 270 mt d’altezza in cima alla falesia esterna di Capo Caccia.
Porto Conte è un concentrato di luoghi suggestivi; sulla costa oltre al lungo litorale sabbioso di Mugoni si susseguono calette meravigliose, come Cala Dragunara o La Bramassa, mentre nell’entroterra si sviluppano numerosi sentieri che si addentrano nel selvaggio territorio carsico fra distese di ginepri e pinete di Pino d’Aleppo, punti panoramici spettacolari e silenzi rotti solo dal vento o dal fragore delle onde contro le falesie.